OpenAI heeft een AI-model gelanceerd dat specifiek is getraind op biologische werkprocessen. Dit betekent dat Nederlandse MKB-ondernemers in de life sciences en agritech nu een hulpmiddel hebben dat hen kan helpen bij het doorzoeken van enorme datasets en het begrijpen van specialistische vakliteratuur, zonder dat ze zelf een team van datawetenschappers nodig hebben.
Wat er aan de hand is
Op donderdag kondigde OpenAI de beschikbaarheid aan van GPT-Rosalind, een groot taalmodel dat is getraind op vijftig veelvoorkomende biologische workflows. Het model is vernoemd naar Rosalind Franklin, de wetenschapper wiens werk cruciaal was voor de ontdekking van de DNA-structuur. Volgens Yunyun Wang, OpenAI’s Life Sciences Product Lead, is het systeem ontworpen om twee grote obstakels voor biologisch onderzoekers aan te pakken: de overweldigende hoeveelheid data uit genoomsequencing en eiwitbiochemie, en de versnippering van kennis over tientallen specialismen. Het model kan onder meer toegang krijgen tot grote openbare biologische databases, biologische routes voorstellen en potentiële medicijndoelen prioriteren. “We verbinden genotype met fenotype via bekende routes en regulerende mechanismen, leiden waarschijnlijke structurele of functionele eigenschappen van eiwitten af, en benutten echt dit mechanistische begrip,” aldus Wang.
Wat dit betekent
Voor het Nederlandse MKB in de life sciences en agritech betekent dit dat een deel van de drempel om complexe biologische data te gebruiken, kan worden verlaagd. Waar voorheen een geneticus die een gen in hersencellen bestudeerde, moeite moest doen om neurobiologische literatuur te doorgronden, kan GPT-Rosalind die vertaalslag maken. Ook voor bedrijven die werken aan gewasveredeling, fermentatieprocessen of diervoeding kan het model helpen om snel inzicht te krijgen in eiwitstructuren of metabolische routes. Het model is niet algemeen, zoals veel andere wetenschappelijke AI’s, maar specifiek gericht op biologie. Dat maakt het potentieel krachtiger voor toepassingen in onderzoek en productontwikkeling, maar ook minder geschikt voor bijvoorbeeld chemie of natuurkunde.
Hoe je dit kunt toepassen
Als je een klein biotechbedrijf runt dat zich bezighoudt met het identificeren van nieuwe medicijndoelen, dan zou je GPT-Rosalind kunnen gebruiken om snel een shortlist te maken van veelbelovende eiwitten. Het model kan op basis van openbare databases suggesties doen voor biologische routes die relevant zijn voor een bepaalde ziekte. Je zou het kunnen inzetten in de vroege fase van je onderzoek, voordat je overgaat tot dure laboratoriumexperimenten.
Als je in de agritech werkt aan gewasveredeling, overweeg dan om GPT-Rosalind te gebruiken om de functie van specifieke genen in planten te achterhalen. Het model kan je helpen om te begrijpen hoe een bepaalde genetische variatie leidt tot een eigenschap zoals droogtetolerantie of resistentie tegen een schimmel. Een mogelijkheid is om het model te vragen naar de eiwit-eiwit interacties die een rol spelen in de stressrespons van een plant, zodat je gerichter kunt zoeken naar verbeteringen.
Als je een onderzoeksafdeling hebt die werkt aan fermentatie of enzymproductie, dan kun je GPT-Rosalind inzetten om de structuur en functie van een nieuw ontdekt enzym te voorspellen. Het model kan op basis van de aminozuurvolgorde suggesties doen voor de waarschijnlijke driedimensionale vouwing en de katalytische activiteit. Dit kan je helpen om te beslissen of het de moeite waard is om het enzym in het laboratorium te testen, zonder dat je eerst een volledig bioinformatica-traject hoeft te doorlopen.
Als je een klein consultancybureau hebt dat advies geeft aan voedingsmiddelenproducenten, overweeg dan om GPT-Rosalind te gebruiken om snel de biologische achtergrond van een ingrediënt of proces te duiden. Het model kan je helpen om de literatuur over een specifiek eiwit of metaboliet te doorzoeken en de relevante informatie samen te vatten voor een klant. Een optie is om het model te vragen naar de interacties tussen een additief en menselijke enzymen, zodat je een onderbouwd advies kunt geven over de veiligheid of werkzaamheid.
Bron: Arstechnica